ZOOM Lite

Опис

ZOOM Lite е софтвер за мапирање и визуелизација на податоци за секвенционирање на следната генерација. Корисниците внесуваат референтни геноми и кратки читања на датотеки на Illumina/Solexa или просторот во боја AB SOLiD чита датотеки во различни формати, како што се * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta итн. ЗООМ ги прикажува резултатите за мапирање на овие кратки чита на референтната низа. ZOOM Lite има брзо и прецизно јадро за мапирање засновано на ново дизајнирана теорија за повеќе распоредени семиња. Може да се ракува и со читање со еден крај и со парен крај со различна должина од 15bp до 240bp. Дозволен е било кој број на несовпаѓања и едно вметнување/бришење на различни должини помеѓу отчитувањето и неговата целна област на референтната низа. Единствено мапирани резултати или најдобри (врвни N) резултати за секое читање ќе бидат пријавени според минималните несовпаѓања и должината на инделот. Се користат резултатите од квалитетот за да се подобри точноста на мапирањето. Врз основа на јадрото за мапирање, ZOOM Lite им овозможува на корисниците да вчитаат податоци за локално читање и податоци за референтни низи, да изберат соодветни параметри, да обработуваат податоци со голем волумен паралелно меѓу четири процесори, да ги следат извршените задачи, да ги зачувуваат резултатите од мапирањето, да ги прегледуваат графиконите резултатите за мапирање и резултатите за мапирање на резултатите во формат на датотека * .BED или * .GFF за понатамошно истражување со информациите за песната на прелистувачот UCSC. Резултатите од мапирањето може да се прегледаат во која било посакувана скала, од графиконот за длабочина на читање преку целиот хромозом до деталното усогласување на редоследот помеѓу читањата и референтната низа. Корисниците лесно се движат во регионите од интерес едноставно преку кликнување и влечење или скролување. ZOOM Lite е дериват на софтверот ZOOM Studio.