RAPTOR

Опис

RAPTOR е иновативен софтвер дизајниран за точно предвидување на структурата на протеините. Комбинира напредни алатки за анализа во едно интегрирано софтверско решение и обезбедува три различни методи за провирање. Единствениот пристап за оптимизација на целото интегрално програмирање на RAPTOR е најефикасен за наоѓање структурни обрасци на цели со ниска хомологија на низа и е во состојба да генерира модели со висок квалитет. Едноставниот за употреба интерфејс и лесно разбирливите вредности на Е се идеални за почетници и експерти. Пред сè, интуитивниот приказ на излезот им овозможува на корисниците да ги разберат резултатите едноставно на прв поглед. Со оглед на целната низа протеини, доколку има хомолог протеин со позната 3Д структура, тој може да се најде со употреба на алатки за пребарување на секвенци како PSI-BLAST, исто така дадени во RAPTOR. Структурата на целта потоа се гради од познатата структура; сепак, кога хомологијата на низата не е значајна, т.е. помалку од 25%, PSI-BLAST не може да излезе со сигурен хит. За разлика од PSI-BLAST, кој едноставно прави секвенско пребарување, протеински навој, препознавање на пати, ги користи и хомологијата и информациите за структурата. Ја скенира протеинската низа со непозната структура наспроти базата на податоци за познати структури. Со употреба на функција за бодување и спроведување на анализа на компатибилност помеѓу тродимензионални структури и линеарни протеински низи, ќе се идентификува најдобриот структурен образец од кој ќе се изгради структурата на низата. Како резултат, протеинската нишка дава супериорно предвидување од моделирањето на хомологијата кога постои маргинална хомологија на низа.