FlexS

Опис

FlexS ја предвидува конформацијата и ориентацијата на еден од лигандите во однос на другиот. Во FlexS, референтниот лиганд се претпоставува дека е крут, па затоа треба да биде даден во конформација што е слична на врзаната состојба. Алгоритмот за суперпозиција во FlexS бара само мала рачна интервенција. Можете да го интегрирате ова знаење во пресметките со FlexS со рачно извршување на поединечни чекори. Така, FlexS е дизајниран за интерактивна работа на парови на лиганди, како и за виртуелен скрининг базиран на лиганди. Двете главни апликации на FlexS се супер позиционирање на лиганди (на пр. за CoMFA/QSAR) и виртуелен скрининг. Ако имате протеин и мала молекула што се врзува за него (т.н. референтен лиганд), но немате структура на протеинот, можете да ја земете референтната структура како негативен отпечаток од прстот на активното место. FlexS ја одредува сличноста помеѓу тестот и референтната структура со нивно усогласување. Во виртуелниот скрининг, имате референтен лиганд и збир на соединенија и сте заинтересирани да им дадете приоритет на соединенијата за експериментално тестирање.